Vedeckovýskumné aktivity a záujmy prof. Michala Vašečku pokrývajú otázky sociálnej inklúzie, integrácie menšín a migrantov, nadnárodných problematík a menšinových politík. Je zakladateľom Centra pre výskum etnika a kultúry, kde v rokoch 2006 – 2012 pôsobil ako riaditeľ. Pôsobil ako výskumný pracovník v rámci slovenského think-tanku Inštitútu pre verejné otázky, či ako programový riaditeľ pre odbornú analýzu procesu transformácie Slovenskej republiky so zameraním na problematiku národnostných menšín a stavu občianskej spoločnosti. V tejto oblasti spolupracoval aj ako konzultant Svetovej banky. Pôsobil ako externý poradca Ministra zahraničných vecí Slovenskej republiky. Ako hosťujúci štipendista pôsobil na New School University v New Yorku, University of London, Georgetown University a na University of Michigan v Ann Arb.

Od roku 202 pôsobí na Masarykovej univerzite v Brne. Súčasne prednáša na Fakulte sociálnych a ekonomických vied Univerzity Komenského Bratislava, na ISES Kőszeg a od roku 2015 aj na Bratislavskej medzinárodnej škole liberálnych štúdií. Je výskumným pracovníkom Inštitútu pre štúdium práce v Bonne a spolupracovníkom Európskeho strediska pre otázky menšín vo Flensburgu. Je členom predstavenstva Fulbrightovej komisie na Slovensku. Pôsobí ako zástupca Slovenskej republiky v rámci Európskej komisie proti rasizmu a intolerancii (ECRI), ktorá je súčasťou sekcie ľudských práv Rady Európy. Od roku 2013 je členom výkonnej rady Platformy na podporu zdravia znevýhodnených skupín.